长江水资源保护科学研究所(以下简称“水保科研所”)成立于1978年，是长江水利委员会从事流域水资源、水环境、水生态保护的专业机构。

水保科研所拥有多类专业资质证书，涵盖建设项目环评、水土保持、水资源论证、水利工程施工监理、水利工程建设环保监理、水土保持监测、规划环评、工程竣工环保验收等。是全国首批获得原国家环保局颁发的“环境影响评价资格证书(甲级)”的十四家单位之一，也是2003年公布的第一批规划环境影响评价推荐单位之一。同时，具有“规划及建设项目水资源论证资质证书(甲级)”“生产建设项目水土保持方案编制水平评价证书”“水利工程建设单位环境保护监理资质证书”“生产建设项目水土保持监测单位水平评价证书”等。

水保科研所拥有一支高素质技术团队，现有职工120余人，其中，教授级高级工程师20人，高级工程师51人，具有博士学位人员41人，硕士学位62人。20人持有注册环评工程师资格证书，52人持有环评岗位资格证;8人持有注册水土保持工程师证书，32人持有水土保持方案编制资格证;11人持有水利工程监理/环境监理工程师证;18人持有国家建设项目水资源论证资格证;1人持有注册会计师证。入选水利部“5151”人才工程第三、四层次人选7人，长江委青年科技英才2人、湖北省新世纪高层次人才工程第三层次2人、享受湖北省政府津贴1人、湖北省楚凤成才计划1人、武汉英才5人。

水保科研所技术支撑与服务方向主要包括：水资源、水环境与水生态保护基础理论和重大科学研究;水资源、水环境和水生态保护相关规划编制，政策、法规、标准和技术规程规范的研究与起草;重要江河湖泊水功能区划分，水域纳污能力核算和入河排污总量控制方案编制;重要水域水资源、水环境、水生态保护与修复技术研究及应用;政策环评、规划环评、建设项目环评;生产建设项目水土保持方案编制、监理及监测;入河排污口设置论证和水资源论证;建设项目竣工环保和水保验收;流域水利工程规划、环保设计、环境管理与环境监理等。

水保科研所围绕流域水资源开发与保护，特别是三峡工程、南水北调中线工程等重大项目的水资源、水环境、水生态等问题，完成了各项成果1000多项。承担了多项国家重大科技项目，诸如国家“十五”重大科技专项(863计划)、国家重大基础研究项目(973计划)、国家重点研发计划、国家自然科学基金、水利部“948”项目和行业公益性项目等，取得了丰硕成果，多项成果属国内首创，为推动我国水资源保护事业的发展作出了重要贡献。先后获得国家科学技术进步奖二等奖、大禹水利科学技术奖一等奖、测绘科技进步奖一等奖、教育部科技进步一等奖、湖北省科技进步一等奖、长江委科技特等奖等国家和省部级科技成果奖励三十余项;获得全国优秀环评机构、全国优秀环评报告书、全国优秀环评工程师、全国优秀水利水电工程勘测设计奖金质奖、城乡规划设计奖城市规划类一等奖等咨询设计类奖励十余项。建所四十余年来，水保科研所在水资源、水环境、水生态保护研究领域取得了一批具有开创意义的技术支撑成果。在开展流域水资源保护、水生态修复及重大水利水电工程环境影响论证等工作中，积累了翔实的基础资料和丰富的工作经验，具备了较强的专业技术能力，具有从事业务范围内各种类型、各种技术难度工作的雄厚实力。

水保科研所建设了流域水环境实验室和多个野外实验观测站，配备有先进齐全的技术设备，拥有完整的水质、水生生物数据采集监测系统，以及图形分析处理系统等，具有较强的工作装备保障能力。