长江水保所的宗旨是开展与水资源保护有关的水利、环保公益性基础科学研究，维护流域优良生态，保障江河水资源安全，为国家、流域及区域的水资源可持续利用和社会经济可持续发展服务。

长江水保所主要业务范围为：

(一)根据授权或委托，承担水资源保护和水污染防治等有关政策、法规、规程与规范的研究与起草工作;承担流域水资源保护规划的编制;承担流域综合规划、水利规划等涉水规划的生态环境保护规划与环境影响评价工作;承担流域机构直管水利建设项目环境保护的技术与研究工作;承担流域水资源保护中央投资计划与预算项目实施的技术工作。

(二)负责跨省(自治区、直辖市)江河湖泊水功能区划分、核定水域纳污能力、拟定入河排污总量控制方案等技术工作。

(三)开展流域内入河排污口设置论证和水资源论证等技术工作;承担流域内生活、生产、生态用水保护的调查评价工作;承担河湖健康评估工作;开展河湖湿地保护研究工作。

(四)承担饮用水水源保护、地下水保护、水生态保护技术研究;承担重大水污染事件的预警与应急处置技术研究;开展水体富营养化控制及治理技术研究;开展流域水资源保护工程体系建设与关键技术研究;开展国际河流开发保护的科学研究工作;开展流域水利工程规划、勘测设计、建设与运行管理中的环境保护研究与咨询工作。

(五)承担流域水资源管理信息系统开发与应用研究，承担流域水资源保护科学研究信息的采集、管理及利用工作。承担水资源保护基础理论和应用技术科学研究;承担流域内水资源保护技术指导与培训;开展国家、部省级水资源与水生态保护等重大项目研究。

(六)开展流域(区域)水环境、水生态安全诊断与评估、模拟与预测、调控与修复相关理论与关键技术研究;开展与流域水资源保护有关的新技术引进、示范与推广等工作;承担依托建立的流域水环境实验研究平台和示范基地的运行管理工作。

(七)承办上级交办的其它事项。