综合处：承担所行政办公、人事管理、信息、安全、保密、新闻宣传、统战、信访、纪检、离退休干部管理、后勤管理等工作，承担市场项目跟踪、合同管理、资质证书管理、科技项目和成果管理、外事和学会管理、政府采购与招投标、基建项目、会计核算与财务日常管理、资产管理、信用评价、管理体系认证等工作，负责指导所属企业日常管理，承办所领导交办的其他事项。

规划与法规研究中心：水资源保护法规政策、管理制度、技术规范标准研究；水资源保护规划研究与编制；流域（区域）水利综合规划、专项规划、专业规划以及相关规划环评研究与编制；生态流量、饮用水水源地调查评价与保护研究；水功能区划分与调整、水资源承载能力理论与应用研究，水污染治理、水生态修复、水资源保护等技术研究；大中型水利水电工程前期生态环境影响及环境保护研究设计与应用。

环境水利研究中心：水利水电工程及其他建设项目环境影响论证、环境保护措施研究与设计、后评估；大江大湖生态保护治理、河湖水系连通、河湖湿地及岸线保护与修复相关理论与关键技术研究；水环境保护相关理论与关键技术研究；自然保护地优化与生态红线不可避让论证；大中型水利水电工程生态环境保护研究与技术研发。

水生态环境研究中心：水生态环境调查、评估与模拟，湖库富营养化调控，水生态保护与修复咨询、设计；水质模型开发、水污染预警与应急响应研究，数字孪生研发；生态水文模拟与生态调度研究；水环境综合整治与污水资源化利用；规划与建设项目水资源论证，入河排污口设置论证与布局规划；水资源保护实验研究平台和示范基地的运行管理。

水资源保护工程技术研究中心：水资源节约评价，节水关键技术研发与推广；建设项目水土保持方案、设计、监测、监理、验收；水利水电工程环境保护管理、监理及验收调查；地下水资源保护关键技术研发与推广；涉水工程水文影响分析与评价；水资源保护工程与环境保护工程技术研究、咨询、设计。

科技公司：1991年成立，为长江水资源保护科学研究所下属企业，主要开展建设项目环评、水土保持方案编制、环境保护设计、环境保护监理、生态调查等业务。下设综合部、技术咨询部、工程设计部、技术研发部四个部门以及武汉长护源环保科技有限公司、武汉市天彩印务有限责任公司两个子公司。