办公室（党委办公室）：承担党务、综合政务、公文与印章、网络安全与信息化、安全生产、平安单位建设、新闻宣传、保密、档案、人事管理、纪检、信访、统战、离退休、后勤等管理工作。

  科研计划财务处：承担科技创新、计划经营、资质、成果质量、资产、财务、审计等管理工作。

  规划与法规研究中心：水资源保护规划编制；流域（区域）综合规划、有关专业或专项规划的水资源保护与水生态环境保护规划、规划环评编制；生态流量水量管理与保障、饮用水水源地保护、地下水资源管理保护研究，以及水利水电工程环境影响、流域保护相关重大问题研究；流域内生活、生产经营和生态环境用水调查与评价；水功能区划分与调整、纳污能力核算、水资源承载能力、水资源刚性约束等水资源保护相关理论与应用研究；水资源保护相关法规政策、管理制度、技术规范标准研究与起草。

  环境水利研究中心：流域水资源保护相关信息采集、管理及应用研究；水利水电工程等建设项目环境影响论证、环境保护措施研究与设计；水利水电工程环境保护相关技术标准研究；流域（区域）开发环境影响论证与跟踪评价，水利水电工程建设环境影响后评估；河湖生态保护治理、水系连通、湿地及岸线保护与修复相关理论与关键技术研究；水资源与水环境保护相关理论与关键技术研究；水利水电工程规划、勘测设计、建设与运行管理过程中生态环境保护研究与技术咨询。

  水生态环境研究中心（流域水环境实验室）：水资源质量调查评价，水污染预警与应急处置，以及水质安全保障与风险防范技术研究；非常规水资源化利用研究；流域水文水质模型研发与水利数字孪生研究；水生态调查与评估，生态水文模拟与生态调度，以及水生态保护与修复技术研究；规划与建设项目水资源论证，入河排污口设置论证；水生态环境保护相关新技术引进、示范与推广、指导与培训，流域水环境实验室等科研平台运行管理。

  节约与保护工程技术研究中心：流域内计划用水和节约用水、取用水定额、节水评价等技术工作，以及国家节水行动实施有关具体工作；水利水电工程建设与运行管理、验收等过程中的环境保护研究与技术咨询；涉水工程水文分析计算及防洪影响分析评价；水土保持规划编制，水土保持监测与监管技术研究，以及建设项目水土保持相关技术工作；节水与水土保持等新技术引进、示范与推广、指导与培训；水资源保护工程体系建设与关键技术研发，以及环境保护工程技术研发。

  长江水资源保护科技咨询有限公司：长江水资源保护科学研究所下属全资企业，主要开展建设项目环评、水土保持方案编制、环境保护设计、环境保护监理、生态调查等业务。下设武汉长护源环保科技有限公司、武汉市天彩印务有限责任公司两个子公司。